Genome Variation Format-Datei
Dateityp: Verschiedene Datendateien
Eine .gvf-Datei enthält Daten zu genomischen Variationen im Genome Variation Format. Das Format beschreibt Merkmale von Sequenzveränderungen auf Nukleotidebene relativ zu einem Referenzgenom.
GVF-Dateien werden mit Sequence-Ontology-Tools und Workflows für genomische Annotationen verwendet.
Dateityp-Kategorie:
Verschiedene Datendateien
Aktualisierungsdatum: 22. Oktober 2026
Das Genome Variation Format ist ein einfaches, strukturiertes Format zur Beschreibung von Sequenzänderungsmerkmalen auf Nukleotidauflösung relativ zu einem Referenzgenom. Es ist ein standardmäßiges Variationsdateiformat für menschliche Genomsequenzen und kann auch Variationen in anderen Genomen darstellen.
GVF verwendet eine durch Tabulatoren getrennte Struktur, die auf den Konventionen von GFF3 basiert. Eine Datei kann Informationen zu Referenzsequenzen, genomische Koordinaten, Variationsdetails, Identifikatoren und zusätzliche Attribute enthalten, die jedes Merkmal beschreiben.
Die Spezifikation wurde von Reese et al. in Genome Biology, 2010;11(8):R88 veröffentlicht. GVF ist mit dem Sequence Ontology-Projekt verbunden und kann mit Sequence Ontology Tools unter Microsoft Windows verwendet werden.
Öffnen Sie eine .gvf-Datei mit Sequence Ontology Tools unter Microsoft Windows, um mit ihren Genomvariationsannotationen zu arbeiten.
Da GVF ein textbasiertes genomisches Datenformat ist, kann ein Texteditor seinen Inhalt anzeigen, interpretiert die Koordinaten, Referenzsequenzen oder Variationsattribute jedoch nicht als genomische Features.
Es gibt keine allgemein bekannte Konvertierung für eine .gvf-Datei. GVF ist ein Datenaustauschformat, daher ist eine Konvertierung nur dann sinnvoll, wenn ein anderes Genomanalyse-Tool ein anderes Varianten- oder Annotationsformat benötigt.
Verwenden Sie Software, die sowohl GVF als auch das Zielformat unterstützt, um die Daten zu exportieren, und überprüfen Sie, dass Koordinaten, Referenzsequenzen und Annotationsattribute erhalten bleiben.
Programme zum Anzeigen von gvf Dateien:
Microsoft Windows