fichier au format Genome Variation Format
Type de fichier : Divers fichiers de données
Un fichier .gvf contient des données de variation génomique au format Genome Variation Format. Ce format décrit des caractéristiques d’altération de séquence au niveau des nucléotides par rapport à un génome de référence.
Les fichiers GVF sont associés aux outils Sequence Ontology et aux workflows d’annotation génomique.
Catégorie de type de fichier :
Divers fichiers de données
Date de mise à jour : 22 octobre 2026
Le Genome Variation Format est un format simple et structuré permettant de décrire des caractéristiques d’altération de séquence à la résolution du nucléotide par rapport à un génome de référence. Il s’agit d’un format de fichier standard pour les séquences du génome humain, qui peut également représenter les variations dans d’autres génomes.
GVF utilise une structure délimitée par des tabulations fondée sur les conventions de GFF3. Un fichier peut contenir des informations sur la séquence de référence, des coordonnées génomiques, des détails sur les variations, des identifiants et des attributs supplémentaires décrivant chaque caractéristique.
La spécification a été publiée par Reese et al. dans Genome Biology, 2010;11(8):R88. GVF est associé au projet Sequence Ontology et peut être utilisé avec Sequence Ontology Tools sur Microsoft Windows.
Ouvrez un fichier .gvf avec Sequence Ontology Tools sur Microsoft Windows pour travailler avec ses annotations de variation génomique.
Comme le format de données génomiques GVF est basé sur du texte, un éditeur de texte peut en afficher le contenu, mais il n’interprétera pas les coordonnées, les séquences de référence ni les attributs de variation comme des caractéristiques génomiques.
Il n’existe pas de conversion générale connue pour un fichier .gvf. GVF est un format d’échange de données ; la conversion n’est appropriée que lorsqu’un autre outil d’analyse génomique nécessite un format différent pour les variants ou les annotations.
Utilisez un logiciel prenant en charge à la fois le format GVF et le format cible pour exporter les données, puis vérifiez que les coordonnées, les séquences de référence et les attributs d’annotation ont été préservés.
Programmes pour afficher les fichiers gvf:
Microsoft Windows
Language
