HMMER-Daten
Dateityp: Verschiedene Datendateien
Dateien mit der Dateierweiterung .hmm enthalten Profil-Hidden-Markov-Modell-Daten, die von HMMER verwendet werden.
HMMER ist eine Bioinformatik-Software-Suite zum Durchsuchen von Sequenzdatenbanken nach homologen Proteinsequenzen und zum Analysieren von Beziehungen zwischen Proteinsequenzen.
Dateityp-Kategorie:
Verschiedene Datendateien
Aktualisierungsdatum: 12. Oktober 2026
Datensatz als veraltet markiert und lange nicht aktualisiert.
HMMER ist eine bioinformatische command-line-Suite, die verwendet wird, um Sequenzdatenbanken nach homologen Proteinsequenzen zu durchsuchen und Proteinsequenz-Alignments zu erstellen oder zu verwenden. Eine .hmm file enthält normalerweise ein oder mehrere Profile Hidden Markov Models, die aus Sequenzalignments erstellt wurden.
Die Datei ist eine textbasierte Datendatei, die Modellparameter enthält, einschließlich der Wahrscheinlichkeiten, die zur Darstellung konservierter und variabler Positionen in einer Sequenzfamilie verwendet werden. HMMER-Programme verwenden diese Modelle als Eingabe für Sequenzsuchen und verwandte Analysen; sie sind normalerweise keine eigenständigen Dokumente.
HMMER wird hauptsächlich unter Linux und anderen Unix-ähnlichen Systemen verwendet. Das .hmm-Format gilt als veraltet, und ältere Dateien müssen möglicherweise konvertiert werden oder eine kompatible HMMER-Version erfordern, bevor sie zuverlässig verwendet werden können.
Eine .hmm-Datei sollte mit den HMMER-Befehlszeilentools geöffnet werden, die sie erstellt haben oder mit ihrem Format kompatibel sind. Programme wie hmmsearch und hmmscan verwenden Profil-HMM-Dateien für Sequenzsuchen, während hmmpress eine Datei für die Verwendung als HMM-Datenbank vorbereitet.
Die Datei kann auch als Klartext in einem Texteditor angezeigt werden, aber ein Texteditor führt keine HMMER-Suchen durch und interpretiert das Modell nicht.
Es gibt keine allgemeine Dokumentkonvertierung für HMMER-Daten. Das HMMER-Hilfsprogramm hmmconvert kann kompatible Profil-HMM-Dateien zwischen unterstützten HMMER-Formaten konvertieren.
Wenn eine Konvertierung nicht möglich ist, besteht die übliche Alternative darin, das ursprüngliche Sequenz-Alignment zu beschaffen und das Profil mit dem HMMER-Programm hmmbuild neu zu erstellen.
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