dados do HMMER
Tipo de arquivo: Vários arquivos de dados
Arquivos com a extensão de arquivo .hmm contêm dados de modelo oculto de Markov de perfil usados pelo HMMER.
HMMER é um conjunto de software de bioinformática para pesquisar sequências de proteínas homólogas em bancos de dados de sequências e analisar relações entre sequências de proteínas.
Categoria do tipo de arquivo:
Vários arquivos de dados
Data de atualização: 12 de outubro de 2026
Registro marcado como obsoleto e não atualizado há muito tempo.
HMMER é um pacote de bioinformática de command-line usado para pesquisar bancos de dados de sequências em busca de sequências de proteínas homólogas e para criar ou usar alinhamentos de sequências de proteínas. Um arquivo .hmm normalmente contém um ou mais profile hidden Markov models criados a partir de alinhamentos de sequências.
O arquivo é um arquivo de dados baseado em texto que contém parâmetros do modelo, incluindo as probabilidades usadas para representar posições conservadas e variáveis em uma família de sequências. Os programas HMMER usam esses modelos como entrada para pesquisas de sequências e análises relacionadas; eles normalmente não são documentos standalone.
HMMER é usado principalmente em Linux e outros sistemas Unix-like. O formato .hmm é considerado obsoleto, e arquivos mais antigos podem exigir conversão ou uma versão compatível do HMMER antes de poderem ser usados de forma confiável.
Um arquivo .hmm deve ser aberto com as ferramentas de linha de comando HMMER que o produziram ou que sejam compatíveis com seu formato. Programas como hmmsearch e hmmscan usam arquivos HMM de perfil para pesquisas de sequências, enquanto hmmpress prepara um arquivo para uso como um banco de dados HMM.
O arquivo também pode ser visualizado como texto simples em um editor de texto, mas um editor de texto não realizará pesquisas HMMER nem interpretará o modelo.
Não há conversão geral de documentos para dados do HMMER. O utilitário hmmconvert do HMMER pode converter arquivos de profile HMM compatíveis entre formatos do HMMER compatíveis.
Se a conversão não for possível, a alternativa usual é obter o alinhamento de sequência original e reconstruir o profile com o programa hmmbuild do HMMER.
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