Dati HMMER
Tipo di file: Diversi file di dati
I file con estensione .hmm contengono dati di profile hidden Markov model utilizzati da HMMER.
HMMER è una suite software di bioinformatica per la ricerca di sequenze proteiche omologhe nei database di sequenze e l'analisi delle relazioni tra sequenze proteiche.
Categoria tipo di file:
Diversi file di dati
Data aggiornamento: 12 ottobre 2026
Record marcato come obsoleto e non aggiornato da molto tempo.
HMMER è una suite di bioinformatica a riga di comando utilizzata per cercare nei database di sequenze sequenze proteiche omologhe e per creare o utilizzare allineamenti di sequenze proteiche. Un file .hmm contiene normalmente uno o più modelli di Markov nascosti di profilo creati a partire da allineamenti di sequenze.
Il file è un file di dati basato su testo che contiene i parametri del modello, incluse le probabilità utilizzate per rappresentare le posizioni conservate e variabili in una famiglia di sequenze. I programmi HMMER utilizzano questi modelli come input per le ricerche di sequenze e le analisi correlate; normalmente non sono documenti autonomi.
HMMER viene utilizzato principalmente su Linux e altri sistemi Unix-like. Il formato .hmm è considerato obsoleto e i file meno recenti potrebbero richiedere una conversione o una release HMMER compatibile prima di poter essere utilizzati in modo affidabile.
Un file .hmm dovrebbe essere aperto con gli strumenti HMMER da riga di comando che lo hanno prodotto o che sono compatibili con il suo formato. Programmi come hmmsearch e hmmscan usano file HMM di profilo per le ricerche di sequenze, mentre hmmpress prepara un file per utilizzarlo come database HMM.
Il file può anche essere visualizzato come testo normale in un editor di testo, ma un editor di testo non eseguirà ricerche HMMER né interpreterà il modello.
Non esiste una conversione generale dei documenti per i dati HMMER. L'utility HMMER hmmconvert può convertire file HMM di profilo compatibili tra i formati HMMER supportati.
Se la conversione non è possibile, l'alternativa consueta consiste nell'ottenere l'allineamento di sequenze originale e ricostruire il profilo con il programma hmmbuild di HMMER.
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