Données HMMER
Type de fichier : Divers fichiers de données
Les fichiers portant l’extension de fichier .hmm contiennent des données de modèles de Markov cachés de profil utilisées par HMMER.
HMMER est une suite logicielle de bioinformatique permettant de rechercher des séquences de protéines homologues dans des bases de données de séquences et d’analyser les relations entre les séquences de protéines.
Catégorie de type de fichier :
Divers fichiers de données
Date de mise à jour : 12 octobre 2026
Enregistrement marqué comme obsolète et non mis à jour depuis longtemps.
HMMER est une suite de bioinformatique en ligne de commande utilisée pour rechercher des séquences protéiques homologues dans des bases de données de séquences et pour créer ou utiliser des alignements de séquences protéiques. Un fichier .hmm contient normalement un ou plusieurs modèles de Markov cachés de profil construits à partir d’alignements de séquences.
Le fichier est un fichier de données textuel contenant les paramètres du modèle, notamment les probabilités utilisées pour représenter les positions conservées et variables dans une famille de séquences. Les programmes HMMER utilisent ces modèles comme entrée pour les recherches de séquences et les analyses associées ; il ne s’agit généralement pas de documents autonomes.
HMMER est principalement utilisé sous Linux et d’autres systèmes de type Unix. Le format .hmm est considéré comme obsolète, et les anciens fichiers peuvent nécessiter une conversion ou une version compatible de HMMER avant de pouvoir être utilisés de manière fiable.
Un fichier .hmm doit être ouvert avec les outils de ligne de commande HMMER qui l’ont produit ou qui sont compatibles avec son format. Des programmes tels que hmmsearch et hmmscan utilisent des fichiers HMM de profil pour effectuer des recherches de séquences, tandis que hmmpress prépare un fichier en vue de son utilisation comme base de données HMM.
Le fichier peut également être affiché en texte brut dans un éditeur de texte, mais un éditeur de texte n’effectuera pas de recherches HMMER et n’interprétera pas le modèle.
Il n’existe pas de conversion générale de documents pour les données HMMER. L’utilitaire HMMER hmmconvert peut convertir des fichiers HMM de profils compatibles entre les formats HMMER pris en charge.
Si la conversion n’est pas possible, l’alternative habituelle consiste à obtenir l’alignement de séquences d’origine et à reconstruire le profil avec le programme hmmbuild de HMMER.
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