Datos de HMMER
Tipo de archivo: Varios archivos de datos
Los archivos con la extensión de archivo .hmm contienen datos de modelos ocultos de Markov de perfil utilizados por HMMER.
HMMER es una suite de software de bioinformática para buscar secuencias de proteínas homólogas en bases de datos de secuencias y analizar las relaciones entre secuencias de proteínas.
Categoría del tipo de archivo:
Varios archivos de datos
Fecha de actualización: 12 de octubre de 2026
Registro marcado como obsoleto y no actualizado por mucho tiempo.
HMMER es un conjunto de herramientas de bioinformática de línea de comandos que se utiliza para buscar secuencias de proteínas homólogas en bases de datos de secuencias y para crear o utilizar alineamientos de secuencias de proteínas. Un archivo .hmm normalmente contiene uno o más modelos ocultos de Markov de perfil creados a partir de alineamientos de secuencias.
El archivo es un archivo de datos basado en texto que contiene parámetros del modelo, incluidas las probabilidades utilizadas para representar posiciones conservadas y variables en una familia de secuencias. Los programas de HMMER utilizan estos modelos como entrada para búsquedas de secuencias y análisis relacionados; normalmente no son documentos independientes.
HMMER se utiliza principalmente en Linux y otros sistemas similares a Unix. El formato .hmm se considera obsoleto, y los archivos antiguos pueden requerir conversión o una versión compatible de HMMER antes de poder utilizarse de forma fiable.
Un archivo .hmm debe abrirse con las herramientas de línea de comandos de HMMER que lo hayan generado o que sean compatibles con su formato. Programas como hmmsearch y hmmscan utilizan archivos HMM de perfil para realizar búsquedas de secuencias, mientras que hmmpress prepara un archivo para utilizarlo como una base de datos HMM.
El archivo también puede visualizarse como texto sin formato en un editor de texto, pero un editor de texto no realizará búsquedas de HMMER ni interpretará el modelo.
No existe una conversión general de documentos para datos de HMMER. La utilidad hmmconvert puede convertir archivos HMM de perfil compatibles entre los formatos de HMMER admitidos.
Si la conversión no es posible, la alternativa habitual es obtener el alineamiento de secuencias original y reconstruir el perfil con el programa hmmbuild de HMMER.
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