¿Qué es iTunes?
iTunes es una aplicación gratuita para Microsoft Windows y Apple Mac OS desarrollada por Apple Inc. Se utiliza para organizar y reproducir música y video digital. Mantiene todo el contenido del usuario sincronizado. Y también se usa como tienda en línea en computadora, iPhone, iPad, iPod touch y Apple TV que tiene todo lo necesario para entretenerse.

Ventana principal de Apple iTunes
Cómo sincronizar aplicaciones en iPhone, iPad, iPod touch con una nueva instalación de iTunes
Si conectas tu iPhone u otro dispositivo con sistema operativo Apple iOS a una computadora con una nueva instalación de iTunes, iTunes lo detectará, pero todas las opciones de sincronización estarán deshabilitadas. Puedes personalizar tus ajustes de sincronización, sin embargo, puede ocurrir un pequeño problema.
Si deseas sincronizar las aplicaciones instaladas en el dispositivo iOS y iTunes, iTunes mostrará una ventana de advertencia informando al usuario que iTunes debe eliminar todas las aplicaciones instaladas en el dispositivo y reemplazarlas con las aplicaciones de la biblioteca de iTunes.

Ventana de advertencia de Apple iTunes
La solución a este problema es muy sencilla.

Menú Archivo en iTunes
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Conecta tu dispositivo a la computadora y espera a que iTunes lo detecte.
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Elige el menú Archivo → Transferir compras desde "dispositivo del usuario" en iTunes y usa esta opción
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iTunes transferirá tus aplicaciones, libros y música que fueron descargados a través de iTunes Store desde tu dispositivo a la biblioteca de iTunes.
- Después de que la transferencia termine, podrás sincronizar las aplicaciones sin pérdida de aplicaciones o datos.

Ventana de sincronización de aplicaciones de Apple iTunes