O que é o iTunes?
iTunes é um aplicativo gratuito para Microsoft Windows e Apple Mac OS desenvolvido pela Apple Inc. Ele é usado para organizar e reproduzir música e vídeo digital. Mantém todo o conteúdo do usuário sincronizado. E também é usado como loja on-line no computador, iPhone, iPad, iPod touch e Apple TV que tem tudo o que é necessário para entretenimento.

Janela principal do Apple iTunes
Como sincronizar aplicações no iPhone, iPad, iPod touch com nova instalação do iTunes
Se você conectar seu iPhone ou outro dispositivo com sistema operacional Apple iOS a um computador com nova instalação do iTunes, o iTunes o detectará, mas todas as opções de sincronização estarão desativadas. Você pode personalizar suas configurações de sincronização, porém um pequeno problema pode ocorrer.
Se você quiser sincronizar aplicações instaladas no dispositivo iOS e no iTunes, o iTunes mostrará uma janela de aviso informando ao usuário que o iTunes precisará apagar todas as aplicações instaladas no dispositivo e substituí-las pelos apps da biblioteca do iTunes.

Janela de aviso do Apple iTunes
A solução deste problema é muito simples.

Menu Arquivo no iTunes
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Conecte seu dispositivo ao computador e espere até o iTunes detectá-lo.
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Escolha o menu Arquivo → Transferir compras de "dispositivo do usuário" no iTunes e use a opção
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iTunes transferirá suas aplicações, livros e músicas que foram baixados pela iTunes Store do seu dispositivo para a biblioteca do iTunes.
- Após a transferência ser concluída, você poderá sincronizar os apps sem perda de aplicações ou dados.

Janela de Sincronização de Apps do Apple iTunes