soubor SAM alignment
Typ souboru: Různé datové soubory
Soubor PA2M je soubor zarovnání používaný systémem SAM (Sequence Alignment and Modeling system). Ukládá zarovnané sekvence ve formátu sekvencí spolu s anotacemi posteriorních pravděpodobností.
Soubor je vytvářen nástrojem pathprobs jako součást workflow zpracování zarovnání systému SAM.
Kategorie typu souboru:
Různé datové soubory
Datum aktualizace: 27. září 2026
SAM je bioinformatický software pro zarovnávání sekvencí a modelování. Soubor PA2M obsahuje střídající se data sekvencí a anotace posteriorních pravděpodobností, čímž uchovává zarovnání a související informace o pravděpodobnostech pohromadě.
Formát je určen k použití s nástrojem SAM pathprobs a souvisejícím workflow pro zpracování zarovnání. SAM je k dispozici v systémech Linux a Unix.
Otevřete soubor PA2M pomocí software SAM v systému Linux nebo Unix a použijte nástroje SAM, které podporují výstup vytvořený nástrojem pathprobs. Textový editor může zobrazit obsah souboru ve formátu sequence, ale nebude interpretovat anotace alignment ani posterior probability.
Pokud je vyžadován jiný formát zarovnání, musí sekvenci a data o posteriorní pravděpodobnosti zpracovat nástroj SAM nebo vlastní skript a zapsat je do cílového formátu.
Při převodu mohou být anotace posteriorní pravděpodobnosti odstraněny, pokud je cílový formát nepodporuje.
Programy, které mají asociované jiné než běžné akce související se soubory pa2m:
Linux/Unix
Language
