arquivo de alinhamento SAM
Tipo de arquivo: Vários arquivos de dados
Um arquivo PA2M é um arquivo de alinhamento usado pelo SAM (Sequence Alignment and Modeling system). Ele armazena sequências alinhadas em formato de sequência, juntamente com anotações de probabilidade posterior.
O arquivo é criado pelo pathprobs como parte do fluxo de trabalho de processamento de alinhamentos do SAM.
Categoria do tipo de arquivo:
Vários arquivos de dados
Data de atualização: 27 de setembro de 2026
SAM é um software de bioinformática para alinhamento e modelagem de sequências. Um arquivo PA2M contém dados de sequência alternados com anotações de probabilidade posterior, mantendo um alinhamento e suas informações de probabilidade associadas juntos.
O formato destina-se ao uso com a ferramenta pathprobs do SAM e o fluxo de trabalho relacionado ao processamento de alinhamentos. O SAM está disponível em sistemas Linux e Unix.
Abra um arquivo PA2M com o software SAM no Linux ou Unix, usando ferramentas SAM que sejam compatíveis com a saída produzida por pathprobs. Um editor de texto pode exibir o conteúdo do arquivo no formato de sequência, mas não interpretará o alinhamento nem as anotações de probabilidade posterior.
Se outro formato de alinhamento for necessário, um utilitário SAM ou um script personalizado deverá analisar os dados de sequência e de probabilidade posterior e gravar o formato de destino.
A conversão poderá descartar as anotações de probabilidade posterior se o formato de destino não oferecer suporte a elas.
Aplicações de software que executam outras tarefas com arquivos pa2m:
Linux/Unix
português
