archivo de alineamiento SAM
Tipo de archivo: Varios archivos de datos
Un archivo PA2M es un archivo de alineación utilizado por SAM (Sequence Alignment and Modeling system). Almacena secuencias alineadas en formato de secuencia junto con anotaciones de probabilidad posterior.
El archivo es creado por pathprobs como parte del flujo de trabajo de procesamiento de alineaciones de SAM.
Categoría del tipo de archivo:
Varios archivos de datos
Fecha de actualización: 27 de septiembre de 2026
SAM es software de bioinformática para la alineación y el modelado de secuencias. Un archivo PA2M contiene datos de secuencias y anotaciones de probabilidad posterior alternados, manteniendo juntos una alineación y su información de probabilidad asociada.
El formato está destinado a utilizarse con la herramienta pathprobs de SAM y el flujo de trabajo relacionado con el procesamiento de alineaciones. SAM está disponible en sistemas Linux y Unix.
Abra un archivo PA2M con el software SAM en Linux o Unix, utilizando herramientas de SAM compatibles con la salida producida por pathprobs. Un editor de texto puede mostrar el contenido del archivo en formato de secuencia, pero no interpretará las anotaciones de alineación ni de probabilidad posterior.
Si se necesita otro formato de alineación, una utilidad SAM o un script personalizado debe analizar la secuencia y los datos de probabilidad posterior y escribir el formato de destino.
La conversión puede descartar las anotaciones de probabilidad posterior si el formato de destino no las admite.
Aplicaciones de software que realizan otras tareas relacionadas con archivos pa2m:
Linux/Unix
Language
