fichier d’alignement SAM
Type de fichier : Divers fichiers de données
Un fichier PA2M est un fichier d’alignement utilisé par SAM (Sequence Alignment and Modeling system). Il stocke des séquences alignées au format de séquence, ainsi que des annotations de probabilité a posteriori.
Le fichier est créé par pathprobs dans le cadre du flux de traitement des alignements de SAM.
Catégorie de type de fichier :
Divers fichiers de données
Date de mise à jour : 27 septembre 2026
SAM est un logiciel de bio-informatique consacré à l’alignement et à la modélisation de séquences. Un fichier PA2M contient des données de séquence alternées avec des annotations de probabilités a posteriori, conservant un alignement et les informations de probabilité qui lui sont associées.
Le format est destiné à être utilisé avec l’outil pathprobs de SAM et le workflow associé de traitement des alignements. SAM est disponible sur les systèmes Linux et Unix.
Ouvrez un fichier PA2M avec le logiciel SAM sous Linux ou Unix, en utilisant des outils SAM qui prennent en charge la sortie produite par pathprobs. Un éditeur de texte peut afficher le contenu du fichier au format de séquence, mais il n’interprétera pas les annotations d’alignement ou de probabilité a posteriori.
Si un autre format d’alignement est nécessaire, un utilitaire SAM ou un script personnalisé doit analyser la séquence et les données de probabilité a posteriori, puis écrire le format cible.
La conversion peut supprimer les annotations de probabilité a posteriori si le format cible ne les prend pas en charge.
Applications logicielles qui exécutent d’autres tâches impliquant des fichiers pa2m:
Linux/Unix
Language
