file di allineamento SAM
Tipo di file: Diversi file di dati
Un PA2M file è un file di allineamento utilizzato dal SAM (Sequence Alignment and Modeling system). Memorizza sequenze allineate in formato di sequenza insieme ad annotazioni della probabilità a posteriori.
Il file viene creato da pathprobs come parte del flusso di lavoro di elaborazione dell'allineamento di SAM.
Categoria tipo di file:
Diversi file di dati
Data aggiornamento: 27 settembre 2026
SAM è un software di bioinformatica per l'allineamento e la modellazione delle sequenze. Un file PA2M contiene dati di sequenza alternati ad annotazioni sulle probabilità a posteriori, mantenendo insieme un allineamento e le relative informazioni sulle probabilità.
Il formato è destinato all'uso con il tool pathprobs di SAM e il relativo workflow di elaborazione degli allineamenti. SAM è disponibile su sistemi Linux e Unix.
Apri un file PA2M con il software SAM su Linux o Unix, utilizzando gli strumenti SAM che supportano l'output prodotto da pathprobs. Un editor di testo può visualizzare i contenuti del file in formato di sequenza, ma non interpreterà l'allineamento né le annotazioni delle probabilità posteriori.
Se è necessario un altro formato di allineamento, un'utility SAM o uno script personalizzato deve analizzare la sequenza e i dati sulla probabilità a posteriori e scrivere il formato di destinazione.
La conversione potrebbe scartare le annotazioni sulla probabilità a posteriori se il formato di destinazione non le supporta.
Applicazioni software che gestiscono altre attività riguardanti file pa2m:
Linux/Unix
Language
