Fichier au format SAM de HMMER
Type de fichier : Divers fichiers de données
Un fichier .hmmer contient un modèle de Markov caché de profil au format HMMER pour le système Sequence Alignment and Modeling (SAM).
SAM utilise le modèle pour représenter des motifs de séquences et effectuer une analyse de séquences.
Catégorie de type de fichier :
Divers fichiers de données
Date de mise à jour : 29 septembre 2026
Le format SAM HMMER est un format textuel permettant de stocker des données de modèles de Markov cachés de profil. Un HMM de profil décrit les positions conservées et variables au sein d’une famille de séquences biologiques.
Ce format appartient au système Sequence Alignment and Modeling, qui utilise des modèles de Markov cachés pour l’alignement et la modélisation de séquences. Le fichier fait partie des fichiers de données de modèle utilisés par SAM.
SAM est conçu pour les systèmes Linux et Unix. Un fichier HMMER peut également être inspecté sous forme de texte, mais ses données de modèle doivent être traitées avec un software qui comprend le format SAM HMMER.
Ouvrez le fichier avec le système Sequence Alignment and Modeling sous Linux ou Unix. Utilisez les outils SAM qui lisent les modèles au format HMMER pour l’analyse de séquences.
Comme le format est basé sur du texte, un éditeur de texte brut peut en afficher le contenu, mais la modification manuelle du modèle peut le rendre inutilisable par SAM.
Un fichier .hmmer est normalement utilisé directement comme fichier de modèle SAM et ne nécessite aucune conversion. Si un autre format de modèle est requis, utilisez un utilitaire SAM qui prend explicitement en charge l’importation ou l’exportation du format concerné.
Ne renommez pas le fichier pour le convertir : modifier l’extension ne modifie pas les données du modèle.
Applications logicielles qui peuvent ouvrir les fichiers hmmer:
Linux/Unix
Applications logicielles qui peuvent modifier les fichiers hmmer:
Linux/Unix
Logiciels capables d’enregistrer les fichiers hmmer:
Linux/Unix
Applications logicielles qui créent des fichiers hmmer:
Linux/Unix
Language
