Mikroskopický formát založený na TIFF pro vícerozměrné snímky a metadata OME-XML
Typ souboru:
OME-TIFF je obrazový formát založený na formátu TIFF, navržený pro vědeckou mikroskopii. Ukládá obrazové pixely společně s metadaty OME-XML, která popisují rozměry, jako jsou šířka, výška, kanály, hloubka, časové body, fyzické rozlišení a informace o pořízení.
Soubory lze otevřít pomocí Fiji nebo ImageJ s využitím importéru Bio-Formats. Mezi další kompatibilní aplikace patří QuPath, OMERO a software podporující knihovnu Bio-Formats.
Kategorie typu souboru:
Datum aktualizace: 25. září 2026
OME-TIFF kombinuje široce podporovaný kontejner TIFF s datovým modelem Open Microscopy Environment (OME). Metadata OME-XML jsou běžně vložena do pole TIFF description, zatímco pixelová data mohou být rozdělena mezi více stránek nebo souborů TIFF. Tato struktura umožňuje, aby jeden dataset reprezentoval multidimenzionální obrazy včetně Z-stacks, časových řad, kanálů a sérií obrazů.
OME-TIFF je určen k uchování vědeckých obrazových informací, které běžný TIFF nemusí popisovat konzistentně. Metadata mohou zahrnovat názvy kanálů, informace o barvách, fyzické rozměry pixelů, pozice stolku, data akvizice, podrobnosti o přístroji a vztahy mezi rovinami obrazu. Velké datasety mohou používat tiled storage, kompresi, BigTIFF nebo doprovodné soubory v rámci uspořádání multi-file OME-TIFF.
Formát je spojen se specifikací OME a běžně jej vytvářejí vědecké kamery, mikroskopické systémy, platformy pro správu obrazů a konverzní utilities. Přesná metadata a možnosti komprese se liší podle aplikace, takže kompatibilita může záviset na verzi modelu OME a použitých funkcích TIFF.
Fiji, ImageJ a Bio-Formats poskytují širokou podporu v systémech Windows, macOS a Linux. QuPath dokáže otevřít mnoho obrazů OME-TIFF pro workflows v oblasti digitální patologie, zatímco OMERO je může importovat a spravovat v podporovaných serverových instalacích. Základní prohlížeče TIFF mohou zobrazit některá pixelová data, ale mohou ignorovat multidimenzionální organizaci nebo metadata OME.
V systému Windows, macOS nebo Linux nainstalujte Fiji a zvolte File > Open, případně po vyzvání použijte importér Bio-Formats. Fiji je obecně nejbezpečnější volbou pro zachování a procházení kanálů, Z-snímků a časových bodů. QuPath je další možností pro podporované celoplošné nebo mikroskopické snímky.
Pro analýzu založenou na serveru nahrajte snímek do instalace OMERO, která podporuje OME-TIFF. Pokud desktopový prohlížeč oznámí, že je soubor neplatný, ověřte, zda jsou při použití vícesouborového uspořádání datové sady k dispozici všechny doprovodné soubory, a vyzkoušejte aktuální verzi Bio-Formats.
Pro převod na desktopu použijte nástroj příkazového řádku Bio-Formats bfconvert nebo exportní nástroje Bio-Formats ve Fiji. Tyto nástroje mohou převádět OME-TIFF do formátů, jako jsou standardní TIFF, BigTIFF, JPEG, PNG nebo OME-Zarr, v závislosti na vybraných možnostech a na tom, zda cílový formát dokáže zachovat vícerozměrná data a metadata. Uživatelé Pythonu mohou pro řízené vědecké pracovní postupy použít také knihovny, jako je tifffile.
Online převodníky mohou přijímat malé běžné obrázky TIFF, ale často odstraňují metadata OME-XML, nepodporují vícesouborové datové sady nebo omezují velikost nahrávaných souborů. U výzkumných dat je vhodnější použít desktopový převodník nebo převodník z příkazového řádku; ponechte si nedotčený originál a před odstraněním zdrojového souboru ověřte rozměry, informace o kanálech, rozlišení a metadata převedeného souboru.
Language