Formato de microscopia baseado em TIFF para imagens multidimensionais e metadados OME-XML
Tipo de arquivo:
OME-TIFF é um formato de imagem baseado em TIFF desenvolvido para microscopia científica. Ele armazena os pixels da imagem juntamente com metadados em OME-XML que descrevem dimensões como largura, altura, canais, profundidade, pontos no tempo, resolução física e informações de aquisição.
Os arquivos podem ser abertos com Fiji ou ImageJ usando o importador Bio-Formats. Outros aplicativos compatíveis incluem QuPath, OMERO e softwares compatíveis com a biblioteca Bio-Formats.
Categoria do tipo de arquivo:
Data de atualização: 25 de setembro de 2026
OME-TIFF combina o container TIFF amplamente compatível com o modelo de dados do Open Microscopy Environment (OME). Os metadados OME-XML são geralmente incorporados ao campo de descrição do TIFF, enquanto os dados de pixels podem ser distribuídos por várias páginas ou arquivos TIFF. Essa estrutura permite que um único dataset represente imagens multidimensionais, incluindo pilhas Z, séries temporais, canais e séries de imagens.
OME-TIFF foi desenvolvido para preservar informações de imagens científicas que um TIFF convencional pode não descrever de forma consistente. Os metadados podem incluir nomes de canais, informações de cores, tamanhos físicos dos pixels, posições do estágio, datas de aquisição, detalhes do instrumento e relações entre planos de imagem. Grandes datasets podem usar armazenamento em blocos, compressão, BigTIFF ou arquivos complementares em uma configuração OME-TIFF de vários arquivos.
O formato está associado à especificação OME e é comumente produzido por câmeras científicas, sistemas de microscopia, plataformas de gerenciamento de imagens e utilitários de conversão. Os metadados exatos e as opções de compressão variam conforme o aplicativo, portanto, a compatibilidade pode depender da versão do modelo OME e dos recursos TIFF utilizados.
Fiji, ImageJ e Bio-Formats oferecem amplo suporte no Windows, macOS e Linux. O QuPath pode abrir muitas imagens OME-TIFF para fluxos de trabalho de patologia digital, enquanto o OMERO pode importá-las e gerenciá-las em instalações de servidor compatíveis. Visualizadores TIFF básicos podem exibir alguns dados de pixels, mas talvez ignorem a organização multidimensional ou os metadados OME.
No Windows, macOS ou Linux, instale o Fiji e escolha File > Open, ou use o importador Bio-Formats quando solicitado. O Fiji geralmente é a opção mais segura para preservar e navegar por canais, Z-slices e pontos de tempo. O QuPath é outra opção para imagens de whole-slide ou de microscopia compatíveis.
Para análise baseada em servidor, carregue a imagem em uma instalação do OMERO que ofereça suporte a OME-TIFF. Se um visualizador desktop informar que o arquivo é inválido, confirme se todos os arquivos complementares estão presentes quando o dataset usa um layout de vários arquivos e tente uma versão atual do Bio-Formats.
Para conversão em desktop, use o utilitário de linha de comando Bio-Formats bfconvert ou as ferramentas de exportação Bio-Formats do Fiji. Elas podem converter OME-TIFF para formatos como TIFF padrão, BigTIFF, JPEG, PNG ou OME-Zarr, dependendo das opções selecionadas e de o formato de destino poder preservar dados multidimensionais e metadados. Usuários de Python também podem usar bibliotecas como tifffile para fluxos de trabalho científicos controlados.
Conversores online podem aceitar imagens TIFF pequenas e comuns, mas geralmente removem metadados OME-XML, não oferecem suporte a conjuntos de dados com vários arquivos ou impõem limites de tamanho para upload. Para dados de pesquisa, é preferível usar um conversor para desktop ou de linha de comando; mantenha o original inalterado e verifique as dimensões, as informações dos canais, a resolução e os metadados do arquivo convertido antes de excluir a fonte.
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