Format mikroskopii oparty na TIFF do obrazów wielowymiarowych i metadanych OME-XML
Typ pliku:
OME-TIFF to oparty na formacie TIFF format obrazu przeznaczony do zastosowań w mikroskopii naukowej. Przechowuje piksele obrazu wraz z metadanymi OME-XML opisującymi takie wymiary jak szerokość, wysokość, kanały, głębia, punkty czasowe, rozdzielczość fizyczna oraz informacje o akwizycji.
Pliki można otwierać za pomocą Fiji lub ImageJ, korzystając z importera Bio-Formats. Inne zgodne aplikacje to QuPath, OMERO oraz oprogramowanie obsługujące bibliotekę Bio-Formats.
Kategoria typu pliku:
Data aktualizacji: 25 września 2026
OME-TIFF łączy szeroko obsługiwany kontener TIFF z modelem danych Open Microscopy Environment (OME). Metadane OME-XML są zazwyczaj osadzane w polu opisu TIFF, natomiast dane pikselowe mogą być rozłożone na wielu stronach TIFF lub w wielu plikach. Taka struktura pozwala reprezentować pojedynczy zestaw danych jako obrazy wielowymiarowe, w tym Z-stacks, serie czasowe, kanały i serie obrazów.
OME-TIFF służy do zachowywania informacji o obrazach naukowych, których konwencjonalny TIFF może nie opisywać w spójny sposób. Metadane mogą obejmować nazwy kanałów, informacje o kolorach, fizyczne rozmiary pikseli, pozycje stolika, daty akwizycji, informacje o przyrządzie oraz relacje między płaszczyznami obrazu. Duże zestawy danych mogą korzystać z tiled storage, kompresji, BigTIFF lub plików towarzyszących w ramach układu multi-file OME-TIFF.
Format jest powiązany ze specyfikacją OME i jest często tworzony przez kamery naukowe, systemy mikroskopowe, platformy do zarządzania obrazami oraz narzędzia do konwersji. Dokładne metadane i opcje kompresji różnią się w zależności od aplikacji, dlatego kompatybilność może zależeć od wersji modelu OME i użytych funkcji TIFF.
Fiji, ImageJ i Bio-Formats zapewniają szeroką obsługę w systemach Windows, macOS i Linux. QuPath może otwierać wiele obrazów OME-TIFF na potrzeby przepływów pracy w patologii cyfrowej, natomiast OMERO może je importować i zarządzać nimi na obsługiwanych instalacjach serwerowych. Podstawowe przeglądarki TIFF mogą wyświetlać część danych pikselowych, ale mogą pomijać organizację wielowymiarową lub metadane OME.
W systemie Windows, macOS lub Linux zainstaluj Fiji i wybierz File > Open albo użyj importera Bio-Formats po wyświetleniu monitu. Fiji jest zazwyczaj najbezpieczniejszym wyborem, jeśli chodzi o zachowanie kanałów, wycinków Z i punktów czasowych oraz nawigowanie po nich. QuPath to kolejna opcja w przypadku obsługiwanych obrazów whole-slide lub obrazów mikroskopowych.
W celu przeprowadzenia analizy opartej na serwerze prześlij obraz do instalacji OMERO obsługującej OME-TIFF. Jeśli przeglądarka desktopowa zgłasza, że plik jest nieprawidłowy, upewnij się, że wszystkie pliki towarzyszące są obecne, gdy dataset korzysta z układu wieloplikowego, i wypróbuj aktualną wersję Bio-Formats.
Do konwersji na komputerze użyj narzędzia wiersza poleceń Bio-Formats bfconvert lub narzędzi eksportu Bio-Formats w Fiji. Mogą one konwertować OME-TIFF do formatów takich jak standardowy TIFF, BigTIFF, JPEG, PNG lub OME-Zarr, zależnie od wybranych opcji oraz od tego, czy format docelowy może zachować dane wielowymiarowe i metadane. Użytkownicy języka Python mogą również korzystać z bibliotek takich jak tifffile w kontrolowanych przepływach pracy naukowej.
Konwertery online mogą obsługiwać małe, zwykłe obrazy TIFF, ale często usuwają metadane OME-XML, nie obsługują wieloplikowych zestawów danych lub nakładają limity rozmiaru przesyłanych plików. W przypadku danych badawczych lepiej użyć konwertera desktopowego lub narzędzia wiersza poleceń; zachowaj niezmieniony oryginał i przed usunięciem źródła sprawdź wymiary przekonwertowanego pliku, informacje o kanałach, rozdzielczość oraz metadane.
Language