Formato di microscopia basato su TIFF per immagini multidimensionali e metadati OME-XML
Tipo di file:
OME-TIFF è un image format basato su TIFF progettato per la microscopia scientifica. Memorizza i pixel dell'immagine insieme ai metadati OME-XML che descrivono dimensioni quali larghezza, altezza, canali, profondità, punti temporali, risoluzione fisica e informazioni sull'acquisizione.
I file possono essere aperti con Fiji o ImageJ utilizzando l'importer Bio-Formats. Altre applicazioni compatibili includono QuPath, OMERO e software che supporta la library Bio-Formats.
Categoria tipo di file:
Data aggiornamento: 25 settembre 2026
OME-TIFF combina il container TIFF ampiamente supportato con il modello di dati di Open Microscopy Environment (OME). I metadati OME-XML sono comunemente incorporati nel campo della descrizione TIFF, mentre i dati dei pixel possono essere distribuiti su più pagine o file TIFF. Questa struttura consente a un singolo set di dati di rappresentare immagini multidimensionali, inclusi Z-stack, serie temporali, canali e serie di immagini.
OME-TIFF è concepito per conservare informazioni sulle immagini scientifiche che un TIFF convenzionale potrebbe non descrivere in modo coerente. I metadati possono includere nomi dei canali, informazioni sui colori, dimensioni fisiche dei pixel, posizioni del tavolino, date di acquisizione, dettagli dello strumento e relazioni tra i piani dell'immagine. I set di dati di grandi dimensioni possono utilizzare archiviazione tiled, compressione, BigTIFF o file complementari in una configurazione OME-TIFF multi-file.
Il formato è associato alla specifica OME e viene comunemente prodotto da fotocamere scientifiche, sistemi di microscopia, piattaforme di gestione delle immagini e utility di conversione. I metadati esatti e le opzioni di compressione variano a seconda dell'applicazione, pertanto la compatibilità può dipendere dalla versione del modello OME e dalle funzionalità TIFF utilizzate.
Fiji, ImageJ e Bio-Formats offrono un ampio supporto su Windows, macOS e Linux. QuPath può aprire molte immagini OME-TIFF per i workflow di patologia digitale, mentre OMERO può importarle e gestirle nelle installazioni server supportate. I visualizzatori TIFF di base possono visualizzare alcuni dati dei pixel, ma potrebbero ignorare l'organizzazione multidimensionale o i metadati OME.
Su Windows, macOS o Linux, installa Fiji e scegli File > Open, oppure usa l'importer Bio-Formats quando richiesto. Fiji è generalmente la scelta più sicura per preservare e navigare tra canali, sezioni Z e punti temporali. QuPath è un'altra opzione per le immagini whole-slide o di microscopia supportate.
Per l'analisi basata su server, carica l'immagine su un'installazione di OMERO che supporti OME-TIFF. Se un visualizzatore desktop segnala che il file non è valido, verifica che tutti i file di accompagnamento siano presenti quando il dataset utilizza un layout multi-file e prova una versione aggiornata di Bio-Formats.
Per la conversione su desktop, usa l'utility da riga di comando Bio-Formats bfconvert oppure gli strumenti di esportazione Bio-Formats di Fiji. Questi strumenti possono convertire OME-TIFF in formati quali TIFF standard, BigTIFF, JPEG, PNG o OME-Zarr, a seconda delle opzioni selezionate e della capacità del formato di destinazione di preservare dati e metadata multidimensionali. Gli utenti Python possono anche usare librerie come tifffile per workflow scientifici controllati.
I convertitori online possono accettare immagini TIFF piccole e ordinarie, ma spesso rimuovono i metadata OME-XML, non supportano i dataset composti da più file oppure impongono limiti alle dimensioni degli upload. Per i dati di ricerca, è preferibile usare un convertitore desktop o da riga di comando; conserva una copia originale intatta e verifica le dimensioni, le informazioni sui canali, la risoluzione e i metadata del file convertito prima di eliminare la sorgente.
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