Format mikroskopi berbasis TIFF untuk citra multidimensi dan metadata OME-XML
Jenis file:
OME-TIFF adalah format gambar berbasis TIFF yang dirancang untuk mikroskopi ilmiah. Format ini menyimpan piksel gambar bersama metadata OME-XML yang menjelaskan dimensi seperti lebar, tinggi, kanal, kedalaman, titik waktu, resolusi fisik, dan informasi akuisisi.
File dapat dibuka dengan Fiji atau ImageJ menggunakan importer Bio-Formats. Aplikasi kompatibel lainnya mencakup QuPath, OMERO, dan software yang mendukung library Bio-Formats.
Kategori jenis file:
Tanggal diperbarui: 25 September 2026
OME-TIFF menggabungkan container TIFF yang didukung secara luas dengan model data Open Microscopy Environment (OME). Metadata OME-XML biasanya disematkan dalam field deskripsi TIFF, sementara data piksel dapat didistribusikan ke beberapa halaman atau file TIFF. Struktur ini memungkinkan satu dataset merepresentasikan image multidimensi, termasuk Z-stack, time series, channel, dan image series.
OME-TIFF ditujukan untuk mempertahankan informasi image ilmiah yang mungkin tidak dapat dideskripsikan secara konsisten oleh TIFF konvensional. Metadata dapat mencakup nama channel, informasi warna, ukuran piksel fisik, posisi stage, tanggal akuisisi, detail instrumen, dan hubungan antara bidang image. Dataset berukuran besar dapat menggunakan penyimpanan tiled, kompresi, BigTIFF, atau companion file dalam pengaturan OME-TIFF multi-file.
Format ini terkait dengan spesifikasi OME dan biasanya dihasilkan oleh kamera ilmiah, sistem mikroskopi, platform manajemen image, serta utilitas konversi. Metadata dan opsi kompresi yang digunakan dapat berbeda-beda menurut aplikasi, sehingga kompatibilitas mungkin bergantung pada versi model OME dan fitur TIFF yang digunakan.
Fiji, ImageJ, dan Bio-Formats menyediakan dukungan luas pada Windows, macOS, dan Linux. QuPath dapat membuka banyak image OME-TIFF untuk workflow patologi digital, sedangkan OMERO dapat mengimpor dan mengelolanya pada instalasi server yang didukung. TIFF viewer dasar mungkin dapat menampilkan sebagian data piksel, tetapi dapat mengabaikan organisasi multidimensi atau metadata OME.
Di Windows, macOS, atau Linux, instal Fiji dan pilih File > Open, atau gunakan Bio-Formats importer saat diminta. Fiji umumnya merupakan pilihan paling aman untuk mempertahankan dan menavigasi channels, Z-slices, dan time points. QuPath adalah opsi lain untuk whole-slide atau microscopy images yang didukung.
Untuk analisis berbasis server, upload image ke instalasi OMERO yang mendukung OME-TIFF. Jika desktop viewer melaporkan bahwa file tidak valid, pastikan semua companion files tersedia saat dataset menggunakan multi-file layout, dan coba versi Bio-Formats terkini.
Untuk konversi desktop, gunakan utilitas command-line Bio-Formats bfconvert atau tools ekspor Bio-Formats milik Fiji. Utilitas ini dapat mengonversi OME-TIFF ke format seperti TIFF standar, BigTIFF, JPEG, PNG, atau OME-Zarr, bergantung pada opsi yang dipilih dan apakah format target dapat mempertahankan data multidimensi serta metadata. Pengguna Python juga dapat menggunakan library seperti tifffile untuk workflow ilmiah yang terkontrol.
Online converter mungkin menerima gambar TIFF biasa berukuran kecil, tetapi sering menghapus metadata OME-XML, tidak mendukung dataset multi-file, atau menerapkan batas ukuran upload. Untuk data penelitian, converter desktop atau command-line lebih disarankan; simpan original yang tidak diubah dan verifikasi dimensi, informasi channel, resolusi, serta metadata pada file hasil konversi sebelum menghapus source.
Language