TIFF-basiertes Mikroskopieformat für multidimensionale Bilder und OME-XML-Metadaten
Dateityp:
OME-TIFF ist ein auf TIFF basierendes Bildformat für die wissenschaftliche Mikroskopie. Es speichert Bildpixel zusammen mit OME-XML-Metadaten, die Dimensionen wie Breite, Höhe, Kanäle, Tiefe, Zeitpunkte, physische Auflösung und Aufnahmeinformationen beschreiben.
Dateien können mit Fiji oder ImageJ unter Verwendung des Bio-Formats-Importers geöffnet werden. Weitere kompatible Anwendungen sind QuPath, OMERO und Software, die die Bio-Formats-Bibliothek unterstützt.
Dateityp-Kategorie:
Aktualisierungsdatum: 25. September 2026
OME-TIFF kombiniert den breit unterstützten TIFF-Container mit dem Datenmodell der Open Microscopy Environment (OME). Die OME-XML-Metadaten werden üblicherweise im TIFF-Beschreibungsfeld eingebettet, während Pixeldaten über mehrere TIFF-Seiten oder Dateien verteilt sein können. Diese Struktur ermöglicht es, mit einem einzelnen Datensatz multidimensionale Bilder darzustellen, einschließlich Z-Stacks, Zeitreihen, Kanälen und Bildserien.
OME-TIFF dient dazu, wissenschaftliche Bildinformationen zu bewahren, die von einem herkömmlichen TIFF möglicherweise nicht konsistent beschrieben werden. Metadaten können Kanalnamen, Farbinformationen, physische Pixelgrößen, Tischpositionen, Aufnahmedaten, Instrumentdetails und Beziehungen zwischen Bildebenen enthalten. Große Datensätze können tiled storage, Komprimierung, BigTIFF oder Begleitdateien in einer Multi-File-OME-TIFF-Anordnung verwenden.
Das Format steht mit der OME-Spezifikation in Verbindung und wird häufig von wissenschaftlichen Kameras, Mikroskopsystemen, Bildverwaltungsplattformen und Konvertierungsprogrammen erzeugt. Die genauen Metadaten und Komprimierungsoptionen variieren je nach Anwendung, daher kann die Kompatibilität von der Version des OME-Modells und den verwendeten TIFF-Funktionen abhängen.
Fiji, ImageJ und Bio-Formats bieten unter Windows, macOS und Linux umfassende Unterstützung. QuPath kann viele OME-TIFF-Bilder für Workflows der digitalen Pathologie öffnen, während OMERO sie auf unterstützten Serverinstallationen importieren und verwalten kann. Einfache TIFF-Viewer können einige Pixeldaten anzeigen, ignorieren jedoch möglicherweise die multidimensionale Organisation oder OME-Metadaten.
Installieren Sie unter Windows, macOS oder Linux Fiji und wählen Sie File > Open oder verwenden Sie den Bio-Formats-Importer, wenn Sie dazu aufgefordert werden. Fiji ist im Allgemeinen die sicherste Wahl, um Kanäle, Z-Slices und Zeitpunkte zu erhalten und zu navigieren. QuPath ist eine weitere Option für unterstützte Whole-Slide- oder Mikroskopiebilder.
Für serverbasierte Analysen laden Sie das Bild in eine OMERO-Installation hoch, die OME-TIFF unterstützt. Wenn ein Desktop-Viewer meldet, dass die Datei ungültig ist, bestätigen Sie, dass alle Begleitdateien vorhanden sind, wenn der Datensatz ein Multi-File-Layout verwendet, und versuchen Sie es mit einer aktuellen Version von Bio-Formats.
Für die Desktop-Konvertierung können Sie das Bio-Formats-command-line utility bfconvert oder die Bio-Formats-Exporttools von Fiji verwenden. Diese können OME-TIFF je nach ausgewählten Optionen und abhängig davon, ob das Zielformat multidimensionale Daten und Metadaten erhalten kann, in Formate wie Standard-TIFF, BigTIFF, JPEG, PNG oder OME-Zarr konvertieren. Python-Nutzer können für kontrollierte wissenschaftliche Workflows auch Bibliotheken wie tifffile verwenden.
Online-Konverter akzeptieren möglicherweise kleine, gewöhnliche TIFF-Bilder, entfernen jedoch häufig OME-XML-Metadaten, unterstützen keine Multi-File-Datensätze oder setzen Upload-Größenbeschränkungen. Für Forschungsdaten ist ein Desktop- oder command-line converter vorzuziehen. Bewahren Sie ein unverändertes Original auf und überprüfen Sie vor dem Löschen der Quelldatei die Abmessungen, Kanalinformationen, Auflösung und Metadaten der konvertierten Datei.
Language