OME.TIFF

OME-TIFF combine le conteneur TIFF largement pris en charge avec le modèle de données de l’Open Microscopy Environment (OME). Les métadonnées OME-XML sont généralement incorporées dans le champ de description TIFF, tandis que les données de pixels peuvent être réparties sur plusieurs pages ou fichiers TIFF. Cette structure permet à un seul jeu de données de représenter des images multidimensionnelles, notamment des piles Z, des séries temporelles, des canaux et des séries d’images.

OME-TIFF vise à préserver les informations relatives aux images scientifiques qu’un TIFF conventionnel peut ne pas décrire de manière cohérente. Les métadonnées peuvent inclure les noms des canaux, les informations de couleur, les tailles physiques des pixels, les positions de la platine, les dates d’acquisition, les détails de l’instrument et les relations entre les plans d’image. Les jeux de données volumineux peuvent utiliser un stockage en tuiles, la compression, BigTIFF ou des fichiers associés dans une organisation OME-TIFF multi-fichiers.

Le format est associé à la spécification OME et est couramment produit par des caméras scientifiques, des systèmes de microscopie, des plateformes de gestion d’images et des utilitaires de conversion. Les métadonnées exactes et les options de compression varient selon l’application ; la compatibilité peut donc dépendre de la version du modèle OME et des fonctionnalités TIFF utilisées.

Fiji, ImageJ et Bio-Formats offrent une prise en charge étendue sous Windows, macOS et Linux. QuPath peut ouvrir de nombreuses images OME-TIFF pour les flux de travail de pathologie numérique, tandis qu’OMERO peut les importer et les gérer sur les installations serveur prises en charge. Les visionneuses TIFF de base peuvent afficher certaines données de pixels, mais elles peuvent ignorer l’organisation multidimensionnelle ou les métadonnées OME.